disease-drug-intelligence

疾病创新药情报整合

概述

将自然语言问题（如“阿尔茨海默病最近有哪些值得关注的新药？”）转换为可执行的多库查询计划。
生成面向决策的中文综合报告，而非仅返回药名列表。

快速开始

1. 识别是否属于 disease_to_drug 场景。
2. 标准化疾病实体并拆解“创新药”意图。
3. 优先调用本地 local_tools/ 代码执行数据库查询。
4. 做实体归一、证据整合、创新性筛选与分层输出。
5. 生成中文报告并标注证据边界。

详细的数据结构、路由表、评分规则、报告模板见 disease_to_drug_playbook.md。

本地执行约定

本技能不再依赖 BioDB MCP HTTP 服务。
涉及 ChEMBL、ClinicalTrials、Search 的调用时，只允许直接使用当前技能目录下的本地 Python 代码：

• local_tools/chembl_api.py
• local_tools/clinicaltrials_api.py
• local_tools/search_api.py
• local_tools/run_tool.sh

推荐调用方式：

bash local_tools/run_tool.sh chembl_api.py search_target EGFR
bash local_tools/run_tool.sh chembl_api.py search_molecule osimertinib
bash local_tools/run_tool.sh chembl_api.py get_drug_by_id CHEMBL3545063
bash local_tools/run_tool.sh clinicaltrials_api.py get_studies --query-cond "lung cancer" --fields NCTId BriefTitle OverallStatus
bash local_tools/run_tool.sh search_api.py "latest EGFR inhibitor approval"

执行约束：

• 优先 import 本地 local_tools/ 模块，或通过 bash local_tools/run_tool.sh ... 执行，不再假设 http://127.0.0.1:8086 一类 MCP 服务存在。
• 不要直接依赖裸 python 命令；统一通过 run_tool.sh 解析可用解释器。run_tool.sh 会优先使用 python3，仅在缺失时才回退到 python。
• 若 Search 需要运行，必须确认已安装 langchain_tavily 且环境变量 TAVILY_API_KEY 已设置。
• 当前数据库查询能力仅包含 ChEMBL、ClinicalTrials、Search。与本技能当前实现无关的其他数据库说明应忽略，不参与执行。
• Search 的执行只允许通过 bash local_tools/run_tool.sh search_api.py ... 或 SearchAPI.run(query) 完成；不得绕过本地工具直接调用外部网页搜索。
• 只有在用户明确要求使用外部网页搜索，且同时说明本地 Search 工具不可用或结果不足时，才允许把外部网页搜索作为最终兜底；否则一律禁止。

触发与判定

当用户问题同时包含以下信息时，触发本技能：

• 疾病实体：如糖尿病、肺癌、阿尔茨海默病、肥胖症、NASH、RA。
• 药物创新意图：如创新药、新机制药、在研药、前沿药、值得关注的新药。

若只提“癌症创新药”等过宽问题，先建议缩小病种；若用户不愿缩小，默认给 Top 癌种与 Top 机制概览。

工作流（固定骨架）

Step 0 问题结构化

构造任务对象（示例）：

{
  "task_type": "disease_to_drug",
  "focus": "innovative_drugs",
  "disease_raw": "糖尿病",
  "time_constraint": null,
  "region_constraint": null,
  "stage_constraint": null
}

Step 1 疾病标准化

输出 canonical_disease、subtypes、aliases、preferred_query_terms。
若用户未指定亚型，先做总疾病分析，再强调研发更活跃亚型（例如 diabetes 下优先覆盖 T2DM）。

Step 2 创新药定义映射

将“创新药”映射为可执行准则：

• 新机制/新靶点（含 first-in-class 倾向）
• 近年代表性获批药
• 中后期在研候选（II/III 期优先）
• 前沿方向（双/多靶点、新一代优化分子）

Step 3 子任务拆分

固定执行 5 个子任务：

• identify_targets_and_mechanisms
• retrieve_representative_drugs
• build_drug_profiles
• validate_clinical_progress
• summarize_trends

Step 4 数据库执行顺序

默认顺序：

1. 机制与靶点：ChEMBL(target/mechanism)
2. 药物候选：ChEMBL(molecule/drug/indication)
3. 临床推进：ClinicalTrials
4. 网页兜底：Search（仅允许使用本地 search_api.py，且仅在 ChEMBL 与 ClinicalTrials 证据不足或需要最新进展核实时）

说明：当前技能不依赖 BioDB MCP 服务；ChEMBL、ClinicalTrials、Search 已切换为本地适配代码。本技能的稳定执行范围仅覆盖这三类能力。

Step 5 证据整合与去重

优先主键：

• 药物：ChEMBL ID > 标准药名 > ClinicalTrials intervention
• 靶点：基因符号/标准靶点名 > 别名

必须保留别名和剂型信息，避免错误合并（如 semaglutide 不同制剂）。

Step 6 创新性筛选与排序

按 0-5 分打分并综合排序：

• disease_relevance
• innovation
• clinical_maturity
• evidence_strength
• representativeness

输出必须分层：

• 已上市/已验证代表性创新药
• 中后期在研候选药
• 前沿探索机制方向

Step 7 报告生成

报告生成前，必须先读取 references/disease_to_drug_playbook.md 中的 ## 10. 中文报告模板（标准版）。

默认必须严格按照该模板输出最终中文报告，不得仅做“包含这些内容”的自由发挥。章节顺序、一级编号和主标题骨架必须保持一致：

• {疾病名称} 创新药综合分析报告
• 1. 问题概述
• 2. 结论先行
• 3. 疾病相关关键靶点与机制
• 4. 代表性创新药物清单
• 5. 临床试验进展概览
• 6. 研发趋势与判断
• 7. 结果说明与局限

只有在用户明确要求“简版/摘要版/表格版/特定格式”时，才允许偏离标准模板；若未明确提出，必须使用标准模板。

Step 8 异常兜底

• 结果过多：按代表性+创新性取 Top N（默认 10）。
• 结果过少：优先输出靶点方向与邻近机制，不强行凑药物列表。
• 证据冲突：明确写出“分子证据存在/临床证据有限”。
• 约束缺失：默认 time_constraint=null, region_constraint=global，并在报告中显式声明。

工具调用约束

• 先跑主链路（本地 ChEMBL + 本地 ClinicalTrials），再做补强，不要反过来。
• 若缺失关键字段（phase/status/target），必须触发补查。
• 报告中的每个关键结论至少有一条可追溯证据（数据库名 + 实体主键）。
• 不把“创新药”当监管定义；它是信息整合定义，必须在结果说明中声明。
• 对 ChEMBL 的最小必需能力，优先使用 search_target、search_molecule、get_drug_by_id、get_molecule_by_id、get_target_by_id、get_mechanism、get_drug_indication。
• 对 ClinicalTrials 的最小必需能力，优先使用 get_studies 与 get_study。
• 对 Search 的最小必需能力，统一使用 SearchAPI.run(query)；如缺少依赖或 API key，需在结果中声明无法执行该补充检索，不得自动切换到外部网页搜索。
• 命令行执行本地工具时，统一使用 bash local_tools/run_tool.sh <tool.py> ...，不要直接写 python <tool.py> ...。
• 不要再引入 KEGG、UniProt、STRING、Ensembl、PubChem、PDB 等未纳入当前 skill 代码层的数据库说明或调用要求。
• 输出前必须自检：报告章节是否与 ## 10. 中文报告模板（标准版） 完全对齐；若不对齐，先重写再输出。

质量检查清单

• 是否完成疾病标准化（含别名/亚型）？
• 是否给出机制-药物-临床三层证据链？
• 是否完成实体归一和别名去重？
• 是否分层输出（上市/中后期/前沿）？
• 是否明确局限、冲突与不确定性？

参考文件

• disease_to_drug_playbook.md：完整 SOP、路由策略、内部 JSON 结构、中文报告模板。