Scichem Normalizer
Documentsscichem_normalizerScichem Normalizer is an Agent Skill for documents published in the cas-bigdatalab/piflow repository on GitHub: a SKILL.md instruction file an AI agent can load to do this task.
科学公式/化学式规整 Skill：统一文本列中的数学符号、Unicode 上下标、化学反应箭头、全角 ASCII 和多余空格。 适用于实验记录、论文摘录、化学反应式和科学公式文本；不负责公式语义解析、单位换算或化学配平。
QUICK START
How to use this skill
Bring this guide into your coding agent with a prompt tailored to the tool you use.
- Open your project in Codex.
- Copy and paste the prompt below.
- Review files and risks before approving any action.
Prompt to paste
Inspect the Agent Skill at https://github.com/cas-bigdatalab/piflow/blob/HEAD/workspace/skills/scichem_normalizer/SKILL.md and all supporting files. Report provenance, permissions, scripts, dependencies, and security risks. Propose an exact installation into .agents/skills/scichem-normalizer, but wait for my approval before writing files or running scripts.
Copying this prompt does not install or run the skill. Review third-party files before use.
SciChem Normalizer 科学公式化学式规整 Skill
功能概述
本 skill 对结构化数据中的科学公式和化学式文本做轻量规整：将特殊加减乘除、全角 ASCII、括号和等号转换为标准 ASCII；将 Unicode 上标/下标转为 ^/_ 标记；将反应箭头统一为 -> 或 <->；折叠多余空格。
触发条件
当用户请求以下任务时，应使用此 skill：
- 科学公式符号规整
- 化学式上下标清洗
- 反应箭头统一
- 实验记录中的公式文本标准化
核心参数说明
必需参数
| 参数 | 说明 |
|---|---|
--input_path | 输入 CSV/TSV/Excel 等结构化文件路径 |
--output_path | 输出结构化文件路径 |
可选参数
| 参数 | 说明 | 默认值 |
|---|---|---|
--text_columns | 处理的文本列，逗号分隔；不填则处理全部字符串列 | 全部字符串列 |
输入文件格式
id text
1 The reaction H₂ + O₂ → H₂O releases energy.
2 Concentration was 5 × 10⁻³ mol/L.
使用方法
python scripts/scichem_normalizer.py \
--input_path input.tsv \
--output_path output.csv \
--text_columns text
处理示例
| 输入文本 | 输出文本 |
|---|---|
H₂ + O₂ → H₂O | H_2 + O_2 -> H_2O |
5 × 10⁻³ mol/L | 5 * 10^-3 mol/L |
Already ASCII formula H2O | Already ASCII formula H2O |
输出示例
id,text
1,H_2 + O_2 -> H_2O
2,5 * 10^-3 mol/L
环境要求
依赖 Python、pandas，以及本仓库 DC 公用 data_io 读写工具。
注意事项
- 该 skill 做符号级规整，不做化学方程式配平或科学公式语义解析。
- Unicode 上下标会转换为
^/_文本标记，需确保后续流程接受这种表示。 - 单位换算、科学计数法数值换算不属于本 skill。