Bdbe Scnorm

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bdbe_scnorm

Bdbe Scnorm is an Agent Skill for documents published in the cas-bigdatalab/piflow repository on GitHub: a SKILL.md instruction file an AI agent can load to do this task.

用于单细胞测序数据预处理的专用技能，对单细胞表达矩阵进行标准化处理，以消除技术偏差，为聚类、差异表达分析提供可靠的数据基础。

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QUICK START

How to use this skill

Bring this guide into your coding agent with a prompt tailored to the tool you use.

Open your project in Codex.
Copy and paste the prompt below.
Review files and risks before approving any action.

Prompt to paste

Inspect the Agent Skill at https://github.com/cas-bigdatalab/piflow/blob/HEAD/workspace/skills/bdbe_scnorm/SKILL.md and all supporting files. Report provenance, permissions, scripts, dependencies, and security risks. Propose an exact installation into .agents/skills/bdbe-scnorm, but wait for my approval before writing files or running scripts.

Copying this prompt does not install or run the skill. Review third-party files before use.

bdbe_scnorm Skill

功能描述

本skill是用于单细胞测序数据预处理的专用技能，首先需要用户上传需要处理的单细胞测序数据，再对单细胞表达矩阵进行标准化处理，以消除技术偏差，为聚类、差异表达分析提供可靠的数据基础。

核心功能

支持上传单细胞测序数据文件
触发标准化分析任务
获取并展示分析结果
支持下载标准化后的数据集

参数说明

input_file：输入单细胞测序数据文件路径（必要参数）
species：物种类型（必要参数），如 mouse、human 等

依赖

requests
json

使用示例

基本使用

python scripts/bdbe_scnorm.py --input_file mouse_ERX2557277.csv --species mouse

输入输出示例

输入

python scripts/bdbe_scnorm.py --input_file mouse_ERX2557277.csv --species mouse

输出

正在上传文件: mouse_ERX2557277.csv
上传成功，文件ID: 36885

正在启动标准化分析...
分析任务启动成功，任务ID: 1063

正在获取分析结果...
分析完成，结果文件：

核心文件：
- d5f99079c24ca7b47667bddd59d23621.h5ad
  下载链接: https://www.bdbe.cn/kun/api/result/download?link=-1/python3/mnt/run.py/2026-03-10T10_40_10.091473/output/mouse/d5f99079c24ca7b47667bddd59d23621.h5ad

辅助文件：
- state.json
- dataset_info.json
- sorted_length.pickle
- data-00000-of-00001.arrow
- logs.txt

分析完成！

注意事项

支持的文件格式：h5ad、csv 等常见单细胞数据格式
文件大小限制：建议不超过100MB
分析时间：根据数据大小，可能需要几分钟到几十分钟
物种参数：必须指定正确的物种类型，如 mouse、human 等